Проведение научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ является одним из важнейших направлений деятельности ФКУ НИИИТ ФСИН России.
Институтом ведется интенсивная работа по государственной регистрации результатов интеллектуальной деятельности, полученных коллективом организации в ходе исследований и разработок. В настоящее время государственной регистрацией, подтверждаемой свидетельствами Федеральной службы по интеллектуальной собственности, обладают 85 программ для ЭВМ, 2 базы данных и прототип полезной модели, разработанные ФКУ НИИИТ ФСИН России.
В настоящее время ФКУ НИИИТ ФСИН России является разработчиком и правообладателем 88 охраноспособных результатов интеллектуальной деятельности. Институтом получено 85 свидетельств о регистрации программ для ЭВМ, 2 баз данных и патент на полезную модель.
В 2020 году Федеральной службой по интеллектуальной собственности ФКУ НИИИТ ФСИН России выданы свидетельства о государственной регистрации на 17 программ для ЭВМ и 1 патент на полезную модель.
Разработки Института полностью учитывают ведомственную специфику пенитенциарной системы, оперативно адаптируются к изменениям нормативно-правовой базы и не имеют аналогов, а также соответствуют приоритетным направлениям развития науки, техники и технологий РФ.
Созданные охраноспособные результаты применяются для решения самых разнообразных задач на всех уровнях: от территориальных органов и подчиненных им учреждений до структурных подразделений центрального аппарата ФСИН России.